可有肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。

常伴有排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等。

1.视诊：外口距离肛缘在5cm之内的，内口在与外口对应的齿线处。外口距离肛缘超过5cm的，内口会绕到后侧6点。这一定律的准确率在80%左右。2.指诊：一般的肛瘘通过“摸”就能诊断清楚。3.B超、X线摄片、CT、磁共振检查，以准确描述瘘管的位置、范围、与括约肌的关系和内口的位置。对深部瘘，CT和磁共振检查有重要的参考价值。