新生儿衣原体感染是由沙眼衣原体所致，可引起包涵体结膜炎及沙眼衣原体肺炎。沙眼衣原体可感染妊娠妇女的子宫颈并通过受染母亲的产道感染新生儿，在新生儿引起结膜炎和肺炎。衣原体是一种近似于细菌的病原微生物。